一、2005年硕士和博士的基础课程考试科目为：生理学、生物化学、病理学、病理生理学、人体解剖学、诊断学。自2006年起逐步增加分子生物学、药理学、流行病学、统计学等课程。
2005年硕士的综合考试科目为：基础医学综合、预防医学综合、口腔医学综合。基础医学综合包括生理、生化、病理、病理生理、免疫、医用微生物学；预防医学综合包括流行病、卫生统计、劳动卫生与职业病、环境卫生、营养卫生、毒理学；口腔综合包括口腔内科、口腔颌面外科、修复、解剖生理、组织病理、正畸学。自2006年起增加药学综合等科目。
二、硕士的基础课程和综合课程考试全部采用选择题的形式；博士的基础课程采用主、客观题相结合的办法，主观题的比例为60%，客观题的比例为40%。
三、国家医学考试中心在每年的6月底前下发第二年的考务通知，明确考试科目。
四、各单位应在考试报名结束后一个月内将确认的硕士或博士所需考试试卷的种类、数目汇总，报送国家医学考试中心。
五、国家医学考试中心组织命题、组卷、制卷。
国家医学考试中心将硕士试卷按照每人一份一袋分装，在试卷袋封面上标明考试的科目，按照规定的时间保密邮寄到各招生单位。各科目有一份备用卷，随正式试卷寄出。各招生单位收到试卷后，清点无误，将回执寄回或传真到考试中心。各招生单位在每份正式的试卷封面上填写考点、考号等信息，然后分发邮寄到各考点。考试前无特殊情况未经国家医学考试中心同意，不得拆封考试试卷和备用卷。
博士基础课程考试国家医学考试中心按照各单位所报信息，将试卷按照30份、10份、2份一袋分装、保密邮寄。其办法与博士外语考试相同。
六、硕士考试结束后，各单位根据国家医学考试中心提供的标准答案，自行组织阅卷、评分。并将阅卷原始数据和统计数据报送国家医学考试中心。
博士考试结束后，将试卷的答题卡和试卷答题纸保密邮局回考试中心（与外语试卷一同寄出）。考试中心在接到答题卡后，15日内完成阅卷、成绩单下发。
七、国家医学考试中心对硕士、博士的考试成绩进行汇总分析，并在2月内将结果反馈给各招生单位。
八、未尽事项和变动的事项，以每年的考务通知为准。